进出口代理费的收取方式并不固定，常见的有以下几种。一种是以货值为基础按比例收取，比例通常在1%-5%之间，像一些普通货物且货值较大的，可能比例会相对低些，接近1%；而对于一些高附加值、操作难度大的货物，比例可能会接近5%。另一种方式是按票计费，一票货物收取固定费用，比如几百元到数千元不等，具体要看货物的复杂程度。还有的是根据服务项目来收费，如报关费、运输代理费等各项单独计费。此外，一些代理公司可能会根据业务量给予一定折扣。在选择代理时，要明确各项收费明细，避免后期产生纠纷。

总之，不同代理收费不同，需综合考量服务质量与费用。

有些代理会根据进出口货物的重量来收费，特别是对于体积大、重量重的货物，按重量收比较合理，不过这种方式相对较少。

也有按时间收费的情况，特别是涉及到长期的进出口项目，代理公司会按服务的时长来计算费用。

还会结合报关的次数收费，如果同一批货物需要多次报关，代理可能会针对每次报关收取额外费用。

有些代理在收取基本代理费之外，若涉及特殊文件的办理，如原产地证等，会另外收取文件办理费。

一些代理对于紧急进出口业务，会收取加急费，以确保能优先处理货物。

有的会根据港口的不同收费，不同港口操作成本有差异，代理费也会不同。

如果货物需要特殊包装或仓储，代理也会针对这些服务收取相应费用。

部分代理还会对货物的保险服务收费，帮忙办理货物运输保险。