代理进出口业务的做账需要注意以下几点：

首先，要明确收入的确认。代理收入通常是根据代理协议中约定的费率，按照代理业务的销售额或采购额计算得出。在确认收入时，要注意区分代理收入和自营收入，避免混淆。

其次，成本的确认也很重要。代理业务的成本主要包括货物的采购成本、运输费用、报关费用等。这些成本需要根据实际发生的情况进行核算，并与相应的收入进行匹配。

在税务处理方面，代理进出口业务涉及到增值税、关税等税种。对于增值税，一般纳税人应按照销售额和适用税率计算销项税额，同时可以抵扣进项税额。对于关税，应根据货物的进口或出口情况，按照相关税率进行计算和缴纳。

此外，还需要注意会计凭证的填制和会计账簿的登记，确保账目清晰、准确。

做账时要分别核算各项费用，如运费、保险费等，并将其合理分摊到相应的业务中。

注意相关票据的保存，如发票、报关单等，这是做账的重要依据。

按照会计制度和税收法规的要求，按时进行纳税申报和缴纳税款。

定期对账目进行核对和调整，确保账账相符、账实相符。

如果遇到复杂的业务情况，可以咨询专业的会计师或税务师。

建立完善的财务管理制度，加强对代理进出口业务的财务管理。

对代理进出口业务的资金流动进行监控，确保资金安全。

在做账过程中，要注意与业务部门的沟通，及时了解业务情况，以便准确做账。