进出口代理公司主要通过以下几种方式赚钱。首先是代理费，这是常见的盈利模式。根据进出口货物的货值、数量、操作复杂程度等收取一定比例代理费，比如货值100万美元货物，按1%收取，就有1万美元代理费。

其次是退税服务收益。有些进出口代理公司会协助客户办理出口退税，在合法合规前提下，从中收取一定比例服务费。比如退税额10万元，收取5%服务费，即获利5000元。

再者，还可能在物流环节获利。代理公司整合物流资源，提供一站式服务，通过物流差价获取利润。另外，凭借对市场了解及人脉资源，提供信息咨询服务收取费用也是途径之一。

进出口代理公司有时会在垫资方面赚钱。当客户资金周转不灵，代理公司帮忙垫付货款、关税等费用，从中收取一定利息。

有的代理公司在报关报检环节赚钱，他们熟悉流程，能高效处理报关报检事务，会向客户收取相应服务费用。

对于一些长期合作客户，进出口代理公司会给予优惠政策，同时从大量业务量中获取稳定利润，薄利多销。

进出口代理公司还可以靠优化供应链赚钱，凭借专业能力优化整个供应链，提高效率，从而收取增值服务费。

在外汇结算上也能获利，代理公司利用汇率波动及外汇结算优势，为客户服务并赚取一定差价。

一些代理公司会针对特定行业或产品提供定制化服务，收取较高费用来增加盈利。

如果代理公司有仓储服务，为客户提供货物存储，也能通过收取仓储费来赚钱。

有的进出口代理公司会通过提供贸易融资解决方案，从融资服务中获取收益。