一般来说，代理出口业务中，退税申报由委托方申报。这是因为委托方才是货物的实际出口方，承担货物的所有权和相关风险报酬。

具体流程如下：首先，委托方要准备好出口货物报关单、出口发票、代理出口协议等资料。然后，通过电子税务局等渠道进行退税申报。

在申报时，要如实填写相关信息，如出口货物的明细、金额等。若资料齐全且符合规定，税务机关审核通过后，委托方就可获得退税款项。而代理方主要负责提供代理出口证明等协助工作。不过，在实际操作中，企业也需关注当地税务机关的具体要求和规定，确保退税申报工作顺利进行。

如果代理公司是以自己名义报关出口，且承担收汇责任，也可能由代理公司申报退税，但这种情况较少，大多还是委托方申报。

委托方申报退税时，要保证各项资料真实准确，不然可能导致退税失败或延误。像报关单上的信息要和发票、合同一致。

有些特殊情况下，比如委托方不具备退税资质，那可能得和代理公司协商特殊处理方式，但基本的原则还是以委托方申报为主。

代理公司虽然一般不申报退税，但要配合委托方，及时提供报关单、收汇等相关信息和资料，方便委托方申报。

在申报退税前，委托方最好先和代理公司明确好各自责任，避免后续因退税问题产生纠纷。

对于委托方来说，提前了解退税政策很重要，像不同商品的退税率不一样，要准确把握。

申报退税资料提交后，若税务机关要求补充资料，委托方要尽快提供，以加快退税进度。

代理出口协议里可以约定退税申报相关事项，保障双方权益，比如明确代理方协助义务等。