出口代理收费方式多样。常见的有按订单金额比例收费，比例通常在1%-5%不等，优势是计算简单，与业务量挂钩，业务量大成本相对低；缺点是金额低时，代理利润少，服务或打折扣。

也有固定收费，适合业务流程简单、金额稳定的订单，优点是费用明确，便于预算；但如果订单复杂，可能对企业不利。

还有按服务项目收费，如报关、订舱等分别计价，好处是企业清楚各项成本，可按需选择；不足是计算繁琐，总体费用可能较高。选择时要结合自身业务特点考量。

有些出口代理会在基础收费外，根据出口产品的种类、货值额外收费。比如高货值或特殊品类产品，收费可能高些，因为涉及更多手续和风险。

部分出口代理会收操作费，这一般按票来算，一票大概几百元，主要涵盖处理出口流程中的各项操作成本。

还有可能会有一些杂费，像文件费、电放费之类的，这些费用虽单笔金额不大，但累积起来也不是小数目，谈合作时要问清楚。

汇率波动也可能影响收费。如果代理按外币结算费用，汇率变动可能使实际支付的人民币金额有变化，合作前要确定好汇率计算方式。

有些出口代理对新客户可能会有优惠政策，或者达到一定业务量后给予折扣，这在选择代理时可以关注下。

仓储费也可能是收费项目之一，如果货物在代理仓库存储时间较长，就会产生这笔费用，所以货物要及时安排运输。

查验费也得留意，万一货物被海关查验，若因代理操作失误导致，代理应承担；若是其他正常原因，费用可能由委托方出。

有的出口代理会收取一定的垫税费用，如果代理帮忙垫付出口退税，会按退税金额收取一定比例费用作为资金占用补偿。