在代理进口业务中，以下费用通常可以抵扣：首先是进口货物的增值税，前提是取得合法有效的海关进口增值税专用缴款书，按照缴款书上注明的增值税额进行抵扣。其次，与进口货物相关且取得增值税专用发票的运输费用，若用于增值税应税项目，可按发票上注明的税额抵扣。另外，符合规定的报关费，如果取得了增值税专用发票，其进项税额也能抵扣。但要注意，代理进口中的代理费，若属于经纪代理服务，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人征收率为3%，取得专票才可抵扣。同时，各项费用的抵扣都需满足相关税务规定，比如业务真实、票据合规等。

总之，确保相关费用与进口业务紧密关联且符合税务要求是能否抵扣的关键。

进口货物装卸费，如果取得增值税专用发票，一般是可以抵扣的。但如果装卸费是包含在货物价款中，那就不需要单独考虑抵扣，因为货物的增值税已可抵扣。

仓储费，要是与进口货物直接相关，且取得增值税专用发票，也能进行抵扣。但用于免税项目、集体福利等非应税项目的仓储费，不能抵扣。

检验检疫费，只要取得合法有效的增值税专用发票，且该费用用于应税项目，就可以按发票上税额进行抵扣。

保险费，若与进口货物有关且取得增值税专用发票，其进项税额可抵扣。不过，为员工购买的商业保险费等非与进口业务直接相关的保险费，不可抵扣。

货代公司开具的订舱费发票，若为增值税专用发票，一般情况下可用于抵扣。但具体也要看业务实质和税务规定。

码头操作费，若能取得增值税专用发票，并且费用用于增值税应税项目，通常可抵扣进项税额。

如果进口货物涉及消费税，且用于连续生产应税消费品，缴纳的消费税符合条件可以抵扣。但如果直接销售等，一般不能抵扣。

支付给境外的特许权使用费，若与进口货物有关且已代扣代缴增值税，取得完税凭证，符合规定可作进项税额抵扣。

银行手续费，若因进口付汇等业务产生，取得增值税专用发票，一般纳税人可以按6%税率对应的税额抵扣。