代理出口费用能否抵扣，需分情况来看。对于代理费，如果取得了合法有效的增值税专用发票，且该代理服务用于增值税应税项目，通常是可以抵扣进项税额的。因为增值税遵循征扣税一致原则，只要上游正常缴纳了增值税，下游取得合规凭证就可抵扣。

而运输费，若运输环节是为出口货物服务，且属于国际运输服务适用零税率或免税政策，那么对应的国内运输部分取得合规发票可抵扣；若涉及国际运输服务免税的，其对应的进项税额不得抵扣。但要是出口货物适用征税政策，那么与之相关的运输费等符合规定的都可正常抵扣。总之，关键是看业务性质、发票是否合规以及对应的出口货物适用的税收政策。

具体操作建议咨询当地税务机关，确保税务处理准确合规。

一般来说，能取得专票的代理出口费用大概率能抵扣，不过有些特殊情况要注意，像用于免税项目的就不行，得看出口业务实际情况。

要看费用用途，如果是直接与出口货物相关且符合抵扣条件的费用，像正常报关产生的费用取得合规发票应该能抵扣。

运输费要是涉及国际运输免税部分的，相应进项不能抵，国内段正常运输的合规发票能抵，代理费类似。

如果代理出口业务本身是视同内销征税的，那相关费用基本都能按规定抵扣，免税的话有些费用就不行。

还得看取得的发票类型，普票肯定不能抵扣，只有专票符合条件才行，要关注开票是否规范。

税务政策有时候会变，最好还是定期关注当地税务部门发布的政策文件，这样能及时了解抵扣要求。

出口企业财务人员要准确区分各项代理出口费用，按照税务规定判断能否抵扣，避免税务风险。

有些费用虽然和出口有关，但如果是用于集体福利之类的，肯定不能抵扣，得具体分析。